Koen van der Meer heeft filosofie en muziek in Saarbrücken/Duitsland gestudeerd, met als hoofdvakken piano (Wilhelm Ohmen) en muziektheorie (Manfred Dings).Daarbij interesseerde hij zich vooral voor Oude Muziek. Hij volgde meerdere masterclasses voor klavecimbel en directie, onder meer bij Jesper Christensen, Jörg Andreas Bötticher, Peter van Heyghen, Georg Grün, Dan-Olof Stenlund en Ayline Zylberajch.
In 2007 ontving hij de Förderrpreis Alte Musik des Saarländischen Rundfunks.
Na een jaar aan het Lemmensinstituut (Kris Verhelst, klavecimbel en Erik Van Nevel, koordirectie) studeert hij recent koordirectie (Jos van Veldhoven) in Den Haag. Koen is klavecinist bij het PazzaCaglia Opera ensemble en docent voor solfège en muziektheorie aan het ArtEZ conservatorium te Arnhem en het Koninklijk Conservatorium Den Haag.
Ook is hij oprichter van het Kammerchor Zweibrücken, Ensemble Noëma en het Ensemble Ultimo Suono.